“大跃进”运动后，潜在的经济困难和严重的自然灾害，把整个国家推进了三年困难时期，化工所也陷入了严重的危机之中。
面对困境，刚刚到任不久，主持日常工作的党委副书记于光礼、副所长彭海涛和委员们坐立不安，忧心忡忡。他们进实验室，下车间，走家串户，与广大工人、干部、科技人员促膝谈心，鼓励大家坚定信心，共渡难关。1961年1月，党中央面对严重的国内局势，提出了“调整、巩固、充实、提高”八字方针。在省委的领导下，化工所以党的八字方针为指导，结合贯彻中央颁布的《科研工作十四条》，作了缩短科研战线，精简管理机构，下放科研人员，保证科研重点的调整。研究工作由原来二十几个方面上百个项目缩减为六个方面十个项目。这些研究项目都是从本省生产实际出发，紧紧围绕着当时吃、穿、用的迫切需要服务的，如化肥、农药、化纤等。当时全所提出了一个口号，为“两当”（当时、当地）服务，为“吃、穿、用”服务，这一口号像一块巨大的磁铁，把广大职工的心凝聚起来，成为全所职工的共同目标。使面临危机的化工所出现了大闹技术革新、技术革命的崭新局面，展示了一幅幅团结拼搏，英勇奋战、生气勃勃的动人画面。
为了满足农作物增产所必需的肥料，肥料室主任乔关根领导的钙镁磷肥课题组，于1961年率先走出实验室，奔赴生产第一线，利用金华地区在大办钢铁时闲弃的炼铁电炉开展试验。那时下厂搞试验，住在工人集体宿舍，七、八个人挤在一间屋子里，无住勤补贴，也没营养费。吃的是三分钱一碗的青菜，八分钱一包的酱辣椒。试验场地是在一个无窗无门，四面透风的车间里，用草帘子挡风；试验设备是一只土头土脑的炼铁电炉，人在炉膛边要忍受着六、七十摄氏度高温的油烟热气的熏蒸。就是在这样艰苦的条件下，科技人员搞配方，摸条件，三班试验连轴转，经过上百次的试验，用电炉法研制成功了适合浙江酸性土壤的钙镁磷肥。1964年在金华化工厂400KVA炼铁炉上完成中试，翌年建成了国内第一套万吨级电炉法（1800KVA）钙镁磷肥生产线，为改变吃粮靠救济的金华地区的贫困面貌作出了重要贡献。《浙江日报》当时用醒目的标题，报道了金华地区“以磷增氮”夺得粮食丰收的经验。乔关根这位支援农业的功臣，光荣地当选为浙江省第三届人代会代表。1965年，乔关根等人还在绍兴钢铁厂成功解决了82立方米的炼铁高炉上改产年10万吨钙镁磷肥含氟废气回收问题，夺得了全国高炉法钙镁磷肥之冠，这使浙江在60年代中期高炉法钙镁磷肥单炉产量和技术居世界领先地位。
为支援农业大丰收，防治和消灭棉花、小麦、马铃薯、果树、甘蔗的病虫害。刚成立的农药室虽然机构初建，技术力量薄弱，但他们不甘示弱，集中力量打歼灭战，取得了辉煌战果。甲基1605课题组的同志，面临着爆炸，中毒的危险，在没有通风柜和磨口玻璃瓶的情况下进行合成试验。合成反应中产生的剌激性毒气体散发出来，像针一样扎进他们的喉头和肺部，呛得眼泪鼻涕一起往外涌，有的眼膜遭到了化学物质的破坏，但他们默默忍受着当时那样恶劣的实验条件，用自己的血肉之躯研制出了农药甲基1605，在60年代被农民兄弟称为水稻，棉花虫害的“克星”。药效组的同志为早日把农药新产品送到农民手中，走南闯北，跨长江，过黄河，下海南，风餐露宿，星夜兼程。在棉田的地弄里，在水稻的田埂上，都留下了他们疲倦的身影和一个个深深的脚印。
1962年，当得知国家科委为满足群众穿着需要，准备向日方购买聚氯乙烯纤维专利权后，高分子室主任吴东侪主动请缨，挑起了研制聚氯乙烯干法纺丝的重任。这位出生在台湾，毕业于东京帝国大学的知识分子，已经在日本成家立业，有洋房汽车，过着富裕的生活，其监护人又是日本天皇的侍医。但为了贫穷的祖国，他毅然离别亲人，踏上社会主义的热土，来所指导科研工作。他与大家一起本着自力更生的精神，于1964年开始搞氯纶干法纺丝试验和研制用于干法纺丝的聚氯乙烯树脂，仅一年时间在扩大试验中就获得成功。研制的树脂不仅符合干法纺丝的要求，而且纤维主要质量指标已赶上日本帝维纶和法国罗维尔的水平。该树脂于65年12月通过技术鉴定后被命名为“华东12型树脂”，并迅速投入工业化生产。当吴东侪先生看到自己主持研制的产品聚氯乙烯树脂纺制成的纤维，能替代棉花、工业用布（滤布等），能解决部分穿衣问题时，那份心情恰如曾二次受到周总理热情接见时一样的激动。这位爱国侨胞，后来成为浙江省侨联主席，当选为七届全国人大代表。
上述的一个个生动场景，是60年代初期化工所战胜困难的创业史，也是一部为了人民的吃、穿、用无私奉献的历史，更是一部干部和职工团结拼搏，为攻克一座座科学堡垒，不顾血与火、生与死的奋斗史，是化工所发展史上最轰轰烈烈的篇章。
从1961年至1966年期间，全所科技人员抓住这六载春光，先后承担了化肥钙镁磷肥、沉淀磷酸钙、农药甲基1605、马拉硫磷、毒杀芬连续化和华东—12型树脂、聚氯乙烯干法纺丝等国家级重大科研项目，共取得具有工业化价值的重大科技成果十项。这些项目大多成为1978年全国科学大会和化工部的获奖项目。这些项目的开发研究，使化工所在省级科研单位中的地位突现出来，为我国尤其为我省化工科学技术和生产的发展起到了重要的推动作用。这些成果在全国生产厂家推广后，为国家创造了巨大的经济效益和社会效益。同时，经过六年的苦心经营，化工所渐渐地发展壮大起来。进口了紫外光谱、红外光谱、爱克司射线分析仪、纤维检验等大型精密仪器，装备了高温、高压、超低温、微量等仪器设备，科研条件有了很大的改善。期间还补充了一批大专毕业生到所工作，人员增加，机构扩大，研究专业也作了必要的调整，撤销有机室，设立了肥料、农药、有机高分子、分析、氟化工、微生物等六个研究室，还建成了土接硫、农药毒杀芬、沉淀磷酸钙、聚氯乙烯大干纺等车间。整个所学术气氛浓厚，开办了英日俄外语训练班和化工原理、有机化学等单科夜校。这一切，使化工所显示出一片生机，成为全省化学工业研究的中心和国内地方化工研究所的姣姣者，化工所在困境中从此站立起来了。